Conda + PICRUSt2在Linux系统下的安装指南
2024.01.17 23:28浏览量:25简介:本篇文章将指导您在Linux系统下通过Conda安装PICRUSt2。我们将分步骤进行,确保您能够顺利完成安装。
首先,我们需要确保您的Linux系统已经安装了Anaconda或Miniconda,它们都包含Conda,这是一个包和环境管理器。如果尚未安装,请从Anaconda官网下载并按照指引进行安装。
安装好conda后,您可以使用以下命令创建一个新的conda环境,我们将在这个环境中安装PICRUSt2:
conda create -n picrust2 -c bioconda -c conda-forge picrust2=2.2.0_b
这将创建一个名为picrust2的新环境,并在其中安装PICRUSt2的指定版本。接下来,激活这个新环境:
conda activate picrust2
现在,您已经处于picrust2环境中,接下来我们将安装PICRUSt2插件。首先,您需要确定您已经从官网下载了qiime2-PICRUST2插件的安装方式。这是一个可以嵌入qiime2分析流程中的插件,使用降噪方法代替closed-reference OTU聚类。具体的安装步骤可以在官网找到。
如果您需要安装特定版本的PICRUSt2插件,例如2019.7版本,您可以运行以下命令:
conda activate qiime2-2019.7
conda install q2-picrust2=2019.7 -c conda-forge -c bioconda -c gavinmdouglas
请注意,在开始这个教程之前,我们建议您浏览独立教程,以更好地了解该工具。许多独立版本的特性在插件版本中可能还不能用,因此您还应该阅读宏基因组预测的关键局限性相关的资料。
以上就是通过Conda在Linux系统下安装PICRUSt2的步骤。希望对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的帮助,请随时提问。
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